はじめまして。なかなか渋いハンドルネームですね。
たとえば<B1>歩兵を<A0>HQの指揮下にしようとしてもできないのに<C1>戦車は<A0>の指揮下に入れるといった具合です。
WW2キャンペーンで試しにやってみましたが、でき・・・ますね。
でもおっしゃる意味はなんとなくわかります。私の記憶では、配置画面でユニット編入したにも関わらず、ゲームを始めるとユニット番号がきちんと変更されていないこともあったような気がします。
操作ミスの可能性はないと思いますが一応確認すると・・・。
編入したいユニットを選んだ状態で"Assign New HQ"ボタンを押して、最後に編入先の編隊ユニット(どれでもよい)を選びます。
これでもうまく反映されないことがあるのは、バグなのかもしれません。
また、編隊番号(アルファベット)が若いものを後ろの編隊に移す場合、ユニット番号はちゃんと変更されるものの、ユニット一覧でみた場合に並びがおかしい場合があります(例えばB1をC編隊(0〜3)に移すと、B1のユニット番号はC4に変更されるが、ユニット一覧ではC0の位置に表示されるなど)。
ま、私もよくわかりませんが、ユニットの移行はなるべく最小限に抑えるくらいしか対処法はなさそうですね。
ちなみにどのキャンペーンでその現象が発生したのか教えてもらえれば、確認してみます。