え〜、次期パッチファイルの修正点として、以下のような記述がありました。
1) Fix Known File Data Entry Errors: Changes the HEAT rounds in infantry anti-tank units from HEAT ammunition to the AP ammunition the program expects, deletes any APCR rounds in units if the weapon APCR maximum range is zero (a crash to desk top bug) or the weapon APCR penetration value is zero, deletes any HEAT rounds in units if the HEAT penetration value is zero, makes all bicycle and motorcycle units size one, cavalry units size two, changes non-vehicular size zero units of 5 or more men to size one, changes any size zero anti-tank guns or mortars to size one and changes some size one infantry and machine gun units of four or fewer men to size zero.
最初に書いてるヤツ(対戦車歩兵ユニットの持つHEAT弾がAP弾になっちゃう)が、今回の疑問に該当するのかもしれませんね。とすると現バージョンのバグということになり、これは次期パッチで修正されるみたいですね。