こちらこそ、お役に立てずすいません。
ひとつ思いついたのですが、問題が解決するかどうか確信はありません。
動かない可能性のほうが高いような気もしますので、あまりお勧めできません。
説明してみますと、エディタでフロントラインを修正するという手です。
具体的には、
・セーブファイルの"dat""cmt"をシナリオデータのように名前を修正
例)savexxx.dat.→scenxxx.dat.
・それをシナリオフォルダに保存
(このとき番号をおぼえておいてください)
・エディタで先ほど保存したシナリオファイルをLoad
(おそらくファイル名が表示されないと思いますので、
おぼえておいた番号のファイルを開いてください)
・プレイヤー1のDeploy画面を開いて、アイコンの列左側下のほうに緑の旗と青の旗が書いてあるアイコンがあると思いますが、それでフロントラインを修正します。
・同様にプレイヤー2も同じ作業をします。
(このとき、本来ただしくあるべきフロントラインがわからないと思いますので、
それらしいところに変更することになってしまいます。)
・フロントラインを修正したら、save
・セーブしたシナリオを今度はセーブファイルに戻します。
例)scenxxx.dat.→savexxx.dat.
(cmtファイルも同様に書き換えます。)
・戻したファイルをセーブフォルダに保存
・それで、セーブファイルをSPWAW本体から読み込むと
問題が解決するのでは?と考えました。
気になるのは、recファイルも修正したほうがいいのかどうか。
ちょっとわかりませんので、この方法でダメだった場合。
そちらもあわせて再度試してみてください。
なお、非常に自信がありませんので、バックアップを取ることをお勧めします。

私以外の皆さんが何か解決法を見つけてくださるかもしれません。
それをお待ちになったほうが確実かもしれませんね。
