え〜と、それはよく起こる症状です。私もちょくちょく経験します。
結論からいうと、この症状を完全に抑える方法はないようです。が、あえて言うなら
1.DirectXとビデオカードのドライバがあまりに古い場合は最新にする
2.必ずMech.exeから起動する(デフォルトアイコンではなくQiuck Startから)
この二つは基本ですが、これをやったからといって症状が起きないわけではありません。もっと直接的な対処法は、
3.バックグラウンドで動いているプログラムを極力減らす
私の経験では、裏で重い(CPU・メモリ消費の多い)プログラムを実行している時や、ALT+TABでデスクトップからSPWAWに切り替えた際にこの症状が出やすい気がします。SPWAWをプレイする時は、他のアプリケーションは起動せず、できれば常駐アプリも切っておくのが望ましいようです。
「特に敵ターン時はより酷くなり、敵が何か行動するごとに画面が暗くなってしまいます」なるということですが、これはちょっと珍しいかもしれません。参考までに言うと、私の場合は画面切替時のユニット静止状態でしか起こらず、ユニット移動中や敵ターンで発生したことはありません。このことからも、CPUやメモリを他のプログラムに食われている可能性が高いと思われるので、同時起動するプログラムをなるべく減らしてみてください。